手术前要求膀胱充盈。一般来说，充盈程度以有尿意但不难受为宜。目的是利用膀胱容积的增大，使通道、阴道-宫颈管-子宫腔处于便于移植管进入、便于操作、无损伤的位置。对于一些有特殊情况的女性，在膀胱充盈后，可以通过超声波确定子宫的位置，指导患者调整膀胱充盈的程度。
试管移植如果宫颈中混有血性粘液，对胚胎移植非常不利。
因此，在放置阴道窥器后，需要充分清洁宫颈，尽量清除宫颈口和宫颈管内的粘液。如果粘液量特别多，有必要使用注射器或负压装置将其吸走。
移植管可分为软管和硬管两种。软管对内膜无损伤，但太软不容易着床；硬管放置比较简单，但对内膜造成损伤和出血的风险升高。医生通常会根据妇女的子宫情况选择软管或硬管。
超声波就像医生的第二双眼睛，可以监控手术的全过程，包括最重要的移植管位置和胚胎方向。
移植管外鞘一般较硬，容易塑形，从而有利于通过宫颈管。在充分了解颈管排列和子宫位置的前提下，提前塑形可使鞘管更顺利地通过颈管。
为了避免鞘管损伤宫颈内口，一般认为，一旦鞘管尖端深入宫颈内口（解剖学上的宫颈内口），鞘管就会停止，不再继续前行。同时，通知胚胎学家开始将胚胎装入移植的宫颈内口。
取出胚胎并将其装入内移植管是一个精细的步骤。首先需要用培养液清洗移植管和注射器的内壁，以防止污染或胚胎中毒。
然后将含有胚胎的培养液、气泡等吸入移植管，体积不能过大也不能过小，否则会导致移植后胚胎在子宫中的位置变化过大。最后，最好在培养液中加入一些 “胚胎胶水”，其成分主要是透明质酸，有利于胚胎位置的固定和植入。
胚胎装载需要在胚胎实验室中进行，整个过程需要保持二氧化碳浓度和温度的持续稳定控制。胚胎装载完成后，将内管送入手术室，通过之前用移植管外鞘制作的通道放入患者子宫腔。在这个过程中，二氧化碳浓度和温度会发生很大变化，时间越长，对胚胎的影响越大。因此，这一过程应尽可能短，最好在 10 秒钟内完成。
从理论上讲，推动胚胎的力度应尽可能轻柔。一旦压力过大，胚胎可能会萎缩、塌陷，然后凋亡。此外，即使胚胎承受住了压力，也可能会增加对子宫颈的刺激，或因推力过大而增加宫外孕的几率。
9. 拔出移植管胚胎推入后，应立即拔管。但撤管速度不宜过快，也不宜过猛，操作已进行到最后一步，速度稍慢，善始善终。
此外，在抽出移液管时，必须注意确保注射器和移液管内不产生负压。